my.cnfの場所

左から順に読み込まれています。

この場合は、/etc/my.cnfが一番最初です。

$ mysql --help | grep my.cnf
                order of preference, my.cnf, $MYSQL_TCP_PORT,
/etc/my.cnf /etc/mysql/my.cnf /usr/local/etc/my.cnf ~/.my.cnf